La UPE es la primera Universidad Privada en el interior del Paraguay. Empezó como Instituto Internacional de Enseñanza Superior IIES. El 26 de marzo de 1992, el Poder Ejecutivo del Paraguay emitió el Decreto Nº 13.039 por el cual da vida oficialmente la UPE. Las dos primeras carreras habilitadas fueron la de Dirección y Administración de Empresas, facultad de Ciencias Administrativas y Contables, y la carrera de Análisis de Sistemas, facultad de Ciencias de la Informática. En 1993, la UPE crea la Facultad de Ciencias Jurídicas, Políticas y Sociales con la carrera de Derecho y Ciencias Sociales.